Shopify มีแผนราคา (Pricing) ให้เลือกหลายระดับ ขึ้นอยู่กับฟีเจอร์และความสามารถที่ผู้ใช้ต้องการ โดยเริ่มต้นที่ $29 ต่อเดือน สำหรับแพ็กเกจ Basic Shopify ซึ่งมีคุณสมบัติพื้นฐานในการสร้างและจัดการร้านค้า

สำหรับแพ็กเกจ Shopify ราคาอยู่ที่ $79 ต่อเดือน ซึ่งจะได้ฟีเจอร์เสริมที่มากขึ้น ส่วนแพ็กเกจสูงสุดคือ Advanced Shopify ราคา $299 ต่อเดือน รองรับการเชื่อมต่อกับระบบอื่นๆ ได้มากที่สุด

นอกจากค่าบริการรายเดือนแล้ว Shopify ยังมีการคิดค่าธรรมเนียมเพิ่มเติมจากยอดขายในแต่ละครั้ง ซึ่งอัตราก็แตกต่างตามแพ็กเกจที่ใช้ โดยเริ่มต้นที่ 2% + 0.30 ดอลลาร์ต่อรายการ สำหรับแพ็กเกจ Basic